O Controle externo exercido pelo Congresso Nacional, com o auxílio do Tribunal de Contas da União, bem como o controle interno exercido pelos órgãos competentes do Sistema de Administração Financeira, Contabilidade e Auditoria, têm objetivos distintos da fiscalização a cargo do Banco Central do Brasil, sobre as instituições financeiras públicas que se situem na órbita da Administração Federal.